Do sistema za urejanje pravic lahko dostopa le uporabnik, ki ima skrbniške pravice. Do sistema za urejanje pravic dostopa z izbiro:
Vsak uporabnik, ki je na novo dodan v ATOM nima določene nobene uporabniške pravice, zato mu jih je potrebno nastaviti.
Uporabniške pravice lahko uporabniku nastavljamo na dva načina:
- Z ročnim nastavljanjem posameznih pravic uporabniku
- Uporabniku lahko kopiramo pravice že obstoječega uporabnika ali kategorije
Ročno nastavljanje pravic uporabniku
Uporabniku ročno nastavljamo pravice tako, da:
- Zgoraj desno kliknemo na puščico poleg uporabniškega imena in iz spustnega menija izberemo opcijo Pravice
- Ko se odpre okno pravic uporabnika, zgoraj, kjer je privzeto izbran trenutni uporabnik, izberemo uporabnika, ki mu želimo dodati/spremeniti/odvzeti določene uporabniške pravice
- Spodaj, kjer imamo seznam pravic, na vsaki pravici izberemo ustrezno opcijo
- Na koncu nastavljene pravice potrdimo s klikom na Shrani
Kopiranje pravic obstoječega uporabnika ali kategorije
Poleg ročnega nastavljanja pravic uporabniku lahko pravice na uporabnika kopiramo z že obstoječega uporabnika ali kategorije.
Kopiranje pravic z že obstoječega uporabnika
Pravice z že obstoječega uporabnika na trenutnega kopiramo tako, da:
- Odpremo Pravice
- Zgoraj, kjer je izbran trenutni uporabnik s seznama izberemo uporabnika, kateremu želimo kopirati pravice z že obstoječega uporabnika
- V drugem oknu s seznama izberemo uporabnika, ki že ima določene pravice in jih bomo kopirali na trenutnega (glej sliko)
- Po izbiri kliknemo na Shrani, da se novo nastavljene pravice shranijo na trenutnega uporabnika
Dodajanje nove kategorije
Preden lahko kopiramo pravice obstoječe kategorije na trenutnega uporabnika je kategorijo najprej potrebno dodati. To storimo tako, da:
- Kliknemo na
- Ko se odpre okno za urejanje kategorij, kliknemo na Dodaj
- Nato določimo pravice
- Dodajanje potrdimo s klikom na Shrani
Kopiranje pravic z že obstoječe kategorije na trenutno izbrano kategorijo
Druga možnost je kopiranje pravic z že obstoječe kategorije na trenutno izbrano kategorijo. To storimo tako, da:
- Odpremo urejanje kategorij
- V prvem oknu izberemo kategorijo, na katero želimo, da se pravice kopiramo
- V drugem oknu izberemo kategorijo, iz katere želimo, da se pravice kopirajo
- Na koncu kopiranje pravic potrdimo s klikom na Shrani
Kopiranje pravic z že obstoječe kategorije na trenutnega uporabnika
Pravice z že obstoječe kategorije na trenutno izbranega uporabnika kopiramo tako, da:
- V prvem oknu izberemo uporabnika na katerega želimo kopirati pravice z obstoječe kategorije
- V tretjem oknu izberemo obstoječo kategorijo, iz katere se bodo pravice kopirale
- Kopiranje potrdimo s klikom na Shrani
Določanje skrbniških pravic
Uporabniku lahko skrbniške pravice določimo z izbiro gumba:
Ob izbiri, se gumb spremeni v:
Uporabnik s skrbniškimi pravicami ima dostop do seznama in pravic drugih uporabnikov, ter do urejanja nekaterih globalnih nastavitev 
(npr. nastavitev kopiranja naročil, urejanje privzetih lokacij).