Da ne prihaja do podvojenosti prejetih faktur, je razvit sistem, ki ob shranjevanju prejete fakture preveri in opozori, v primeru, da je ta faktura že vnešena.
Pogoj za to je, da sta pri vnosu nove prejete fakture Dobavitelj in Številka računa enaka kot na obstoječi fakturi:
Ob shranjevanju vsake prejete fakture, bodisi da je to izdelava nove fakture ali urejanje obstoječe, ATOM preveri ali faktura z zgoraj navedenima pogojema že obstaja in v primeru, da obstaja, ob shranjevanju javi (glej sliko), da prejeta faktura že obstaja in NE DOVOLI shraniti prejete fakture.