V programu Atom lahko to naredite na dva načina:
- iz seznama vseh izdanih računov ali
- neposredno v podrobnostih računa.
Ročno (delno) knjiženje plačila neposredno v računu

Knjiženje posameznega računa ali v primeru, da je bil račun le delno plačan (npr. predujem ali dogovorjeno obročno plačilo), lahko to knjižite ročno neposredno v sami fakturi.
- Odprite izdan račun prek Pregleda faktur
- Na desni strani poiščite polje Že prejeto.
- Vpišite znesek, ki je bil do sedaj plačan (npr. 100,00 €).
- Kliknite Shrani ali Zaključi in natisni, da se vnos zabeleži.
V tem primeru se bo v pregledu faktur stolpec Neplačano ustrezno zmanjšal (npr. iz 213,50 € na 113,50 €).
Knjiženje plačila v Analizi izdanih faktur

- Pojdite v meni Analiza izdanih faktur.
- S filtrom zgoraj izberite ustrezno obdobje in kliknite Osveži.
- Če želite izpisati le še neporavnane račune, kliknite rumeni gumb Zapadle fakture.
- Označite eno ali več faktur (kljukica na levi).
- Kliknite Označi kot plačano.
V stolpcu Neplačano se bo znesek spremenil na 0,00 €, račun pa bo obravnavan kot poravnan.